В 1941 году началась германо-советская война. С приходом на территорию Тернопольщины немецкой оккупационной власти начались репрессии против евреев. Как рассказывал на следствии Абрам Якубович, в это время многим врачам-евреям было запрещено заниматься медицинской практикой. Лишь единицы, в том числе и он, получили разрешение от оккупационной администрации лечить людей, однако исключительно евреев.

Такая ситуация не могла долго продолжаться. Уже в мае 1943 года антиеврейские акции усилились и сопровождались расстрелами и отправками в лагеря смерти и лагеря принудительного труда. Штрейкеру с помощью его хорошего знакомого окружного врача Таращука удалось получить разрешение от немцев выехать в село Максимовка Збаражского района, где он некоторое время продолжал работу, спасая местное население от тифа.

В июне этого же года к нему обратились украинские повстанцы с предложением вступить в УПА. Он согласился на это и присоединился к сотни Климишина Ивана — «Крука», которая дислоцировалась в Антонивецьком лесу Шумского района. Штрейкер получил псевдоним «Поппер» и стал врачом в этом отделе. Кроме него, здесь же работал врач из Восточной Украины «Кучеренко» и еще один еврей врач-дантист.

«Поппер» в основном находился в селах Тернопольской и Ровенской области, где лечил раненых повстанцев и местное население. Практиковал в селах Забара и Угорск Шумского района, а также с. Иванье около Дубно. Впоследствии командирами УПА в селах Тростянец и Малый Стыдин на Ровенщине были организованы небольшие госпитали, куда «Поппер» перешел работать.

Вместе с ним работал врач-еврей «Гиль» (Либергаль Самуил Аронович), санитаркой была его жена Шарлотта, которая выбрала себе псевдоним «Ганя», а также врачи — «Бравый» (Сагайко Никандр) и «Завирюха» (Пантюшенко, военный врач РККА, что попал в плен к немцам, бежал и перешел к УПА).​

В начале весны 1944 Абрам Штрейкер перешел работать врачом в курень УПА «Острого» (Ждан Ярослав). С этим отделом участвовал в бою с войсками НКВД 10 апреля 1944 в лесу между селами Жильжа и Берестовець Костопольского района Ровенской области. В этом бою погиб куренной «Острый», самому же «Попперу» удалось спастись.

Он добрался до колонии Боровка, где проживал его знакомый из Галичины Тимчук Архип, у которого остался и лечился около трех недель, вероятно, из-за ранения, полученного в бою.

В мае Штрейкеру удалось устроиться на работу врачом в Деражнянский райздравотдел и уже 24 мая он получил назначение в село Большой Стыдин. Но этому не суждено было случиться. Через день он был арестован сотрудниками Деражнянского райотдела НКГБ как участник УПА.