В 1906 году Гликсберг был избран раввином Одессы. Помимо исполнения обязанностей в раввинате, он энергично занялся вопросами образования и социальной работы. В городе в годы Первой русской революции было введено военное положение, и в самом начале своей карьеры Гликсберг активно участвовал в спасении еврейской молодёжи, за которой охотилась царская жандармерия. Одновременно по инициативе Гликсберга при нескольких синагогах были основаны школы для детей из малоимущих семей. Он также стал одним из основателей общества «Эзрат Холим» («Помощь больным»). Стремясь популяризировать идеи милосердия и важность посещения больных, Гликсберг опубликовал брошюру «Эзрат Холим» на идише и русском языке. Это издание разошлось тысячными тиражами, способствуя распространению еврейских ценностей и традиций благотворительности.

Однако даже в Одессе, считавшейся оплотом сионизма, раввину Гликсбергу приходилось преодолевать значительные трудности, открыто поддерживая это движение. Его позиция вызывала напряжение в отношениях как с коллегами-раввинами, так и с влиятельными членами общины.

Парадоксально, но многие представители одесской еврейской элиты относились к сионизму равнодушно или даже враждебно. Их неприятие касалось не только идеологии движения, но и его лидеров и сторонников. В этой непростой обстановке Гликсберг проявлял не только твердость убеждений, но и мастерство дипломатии, стремясь сохранить еврейское единство.

Несмотря на сложности, раввин Гликсберг, возглавлявший в Одессе филиал «Мизрахи», твердо отстаивал свои убеждения. К примеру, в 1912 году он активно участвовал в собрании общества «Ховевей Цион» в Одессе, демонстрируя свою приверженность сионистским идеалам. Его яркие проповеди в синагоге «Явне» неизменно привлекали молодежную аудиторию. За Гликсбергом в Одессе закрепилось прозвище «сионистского раввина». Так его называли и друзья, и противники, что лишь подчеркивало его вес в движении.

Общественная деятельность Гликсберга не мешала его углубленному изучению Торы. За время своего служения в Одессе он внес значительный вклад в распространение еврейской мудрости среди соплеменников. Его субботние и праздничные проповеди, отличавшиеся глубиной содержания и изящной формой, неизменно собирали многочисленную аудиторию.

Раввин Шимон Яаков Гликсберг успешно сочетал духовное и общественное служение и с семейной жизнью. Вместе с супругой Ципой Мейтой они создали большую и любящую семью. Их дом наполняли радость и заботы о семерых детях: четырех дочерях – Енете, Юдифи, Суламифи и Евгении, и трех сыновьях – Хаиме, Шмуэле и Вениамине.

И хотя Гликсбергов не обходили стороной и горькие утраты – сын Шмуэль скончался от скарлатины в семилетнем возрасте, – семья выстояла.

После Февральской революции 1917 года авторитет раввина Гликсберга получил официальное признание: его избрали в городской совет Одессы. Более того, он представлял общину на Национальном собрании евреев Украины в Киеве в 1918 году, что свидетельствовало о его влиянии за пределами родного города. Однако в полной мере его величие проявилось в эпоху кризиса, наступившего после захвата власти большевиками.

В период советской власти, несмотря на официальную отмену раввината, Гликсберг был признан главным раввином Одессы. Он не отрекся от своих сионистских убеждений, напротив, с еще большим жаром публично выступал в защиту еврейской Палестины.

Особенно значимой и одновременно трудной стала роль раввина Гликсберга в религиозных дебатах, проводившихся в Одессе с 1923 по 1928 год. Эти публичные мероприятия, организованные властями в крупнейших театрах и залах города, были призваны отвратить граждан Страны Советов от их веры.

Власти привлекали к участию в диспутах ученых и «безбожных» полемистов – профессоров Тухова, Третьякова, Кардашева, представителей Евсекции и других. В качестве оппонентов «приглашались» религиозные деятели города, включая раввина Гликсберга. Атеистически настроенные организаторы были уверены в своей способности доказать массам вред религии для революции и трезвого разума человечества. За несколько дней до дебатов на улицах Одессы появлялись огромные афиши, объявлявшие о новом учреждении, призванном «изгнать невежество» из города.

Изначально раввин Гликсберг отказался присоединяться к дебатам, приводя два основных довода: нежелание слушать богохульство и отсутствие у иудаизма миссионерского характера, в отличие от других религий.

И все же лидеры еврейской общины настаивали на его участии. Даже местные «евсеки», возглавляемые бывшими учениками иешив, пришли к раввину домой, пытаясь его переубедить. Они апеллировали к религиозным дебатам средневековья, говорили о защите чести Израиля. Решающим же аргументом стало опасение роста антисемитизма: «Отсутствие раввина может быть воспринято как доказательство того, что иудаизм поддерживает коммунизм», – утверждали они.

В конце концов раввин Гликсберг дал согласие. Его положение напоминало роль Рамбана в знаменитом религиозном диспуте в Барселоне или участников диспута в Тортосе. В этих словесных поединках Гликсберг постоянно балансировал между необходимостью отстоять веру и вполне реальной возможностью навлечь беду на местных религиозных евреев.

На одном из последних диспутов Гликсбергу удалось произнести речь, в которой он кратко, но ёмко изложил основы еврейской веры и религии. Обращаясь к присутствующим со сцены, он сказал: «Человечество нуждается в вере, потому что наука сама по себе не в состоянии исправить дух человека и возвысить его душу. Древняя идея веры в Бога и новая социальная идея имеют общую цель – объединить разделенные части человечества. Основа уже заложена в учении Израиля: "Возлюби ближнего своего, как самого себя"». Гликсберг не только защищал основы веры. Он умышленно подчеркивал параллели между религиозными принципами и современными социальными идеями, тем самым обезоруживая своих оппонентов-коммунистов и завоевывая внимание аудитории.

В ответ на утверждение профессора Третьякова о том, что вера препятствует революции, ослабляя мужество пролетариата, и что верующий человек по своей природе не способен быть революционером, раввин Гликсберг парировал: «Очевидно, это лишь частное мнение профессора. Я могу привести вам [мнение] нескольких учёных, которые доказали бы прямо противоположное. Они бы продемонстрировали вам, опираясь на весомые доказательства, что вера является высшей ступенью в развитии человека. Что она занимает важное место в прогрессе мира. Что вера всегда шла рука об руку с мудростью, человеческой культурой и искусством улучшать отношения между людьми и возвышать дух человека».

Когда многочисленная и разнородная публика была полностью поглощена его словами, Гликсберг произнес: «Мудрец Ренан утверждал, что человеческая культура была создана двумя народами: евреями и греками. Греки, по его мнению, дали человечеству поэзию и философию, а евреи — духовное единство и любовь к ближнему. Однако мудрец Дармштетер не согласен с ним. Он говорит: евреи дали миру и поэзию, и философию – поэзию в Псалмах и философию в учениях пророков».

О седьмом одесском диспуте нам многое поведал Барух Каценеленбойген, одессит, Узник Сиона, лично знавший раввина Гликсберга. Этот седьмой диспут носил особый характер и был посвящен обрезанию. Перед дебатами еврейскую общину Одессы охватило сильное волнение: хотя формально инициатором выступило общество «Друзья детей», всем было ясно, что реальным организатором являлся «Союз безбожников».

Тревога усилилась, когда стало известно, что со стороны антирелигиозных сил выступят знакомые публике опытные полемисты: профессор Сухов, академик Третьяков и другие. В качестве представителя иудаизма на этот раз был «назначен» моэль Исраэль Бибергаль. Раввину Гликсбергу, «опасному оппоненту», в слове отказали. Бибергаль не отличался ораторскими способностями и к тому же плохо владел русским языком. Еврейские общественные деятели Одессы были крайне обеспокоены, ведь от результатов диспута во многом зависела судьба их общины.

Тем временем по Одессе распространились слухи, что в качестве представителей медицинского сообщества на диспуте выступят профессора Зильберберг и Гимельфарб. Эти имена вселили некоторое спокойствие в еврейскую общину: доктор Цви Гимельфарб был хорошо известен в сионистских кругах – в прошлом он занимал пост секретаря одесского сионистского комитета под председательством самого Менахема Усышкина. Профессора Якова Зильберберга в Одессе уважительно называли «профессором с горячим еврейским сердцем», что говорило о его преданности еврейским традициям.

Утром в день диспута раввин Гликсберг и Авраам Каценеленбойген (известный как Адмор из Луцка), живший тогда в городе, отправились к профессору Зильбербергу. В частной больнице на улице Преображенской посетители застали профессора в белом халате, направлявшегося в операционную. Увидев их, Зильберберг задержался на пороге и почтительно поприветствовал посетителей. Шимон Яаков Гликсберг сразу перешел к делу: «Уважаемые еврейские профессора, от вас сейчас зависит будущее нашего народа, и мы с трепетом ожидаем исхода дебатов». Профессор кратко ответил: «Не беспокойтесь! Мы не посрамим наши корни!» Выйдя от Зильберберга, бородатые мудрецы почувствовали некоторое облегчение.