У 1941 році почалась німецько-радянська війна. Після окупації Тернопільщини німецькою армією почались репресії проти євреїв. Як розповідав під час слідства Абрам Якубович, у цей період лікарям-євреям заборонено було займатись лікарською практикою. Лише одиниці, серед яких був і він, отримали дозвіл від окупаційної адміністрації лікувати людей, однак виключно євреїв.
Така ситуація не могла довго тривати. Вже в травні 1943 року антиєврейські акції посилились, почали відбуватись розстріли, та депортації у табори смерті та табори примусової праці. Штрейкеру, за допомогою його доброго знайомого окружного лікаря Таращука вдалось отримати дозвіл від німців виїхати у село Максимівка Збаразького району, де він певний час продовжував роботу, рятуючи місцеве населення від тифу.
В червні того ж року до нього звернулись українські повстанці з пропозицією приєднатись до УПА. Він погодився та приєднався до сотні Климишина Івана - «Крука», котра була розміщена в Антонівецькому лісі Шумського району. Штрейкер отримав псевдо «Поппер» і розпочав свою діяльність у цьому відділі. Крім нього тут же працював лікар зі сходу України «Кучеренко» та ще один лікар - дантист.
«Поппер» в основному знаходився у селах Тернопільської та Рівненської областей, де лікував поранених повстанців та місцеве населення. Працював у селах Забара та Угорськ Шумського району, а також у с. Іваннє поруч із Дубно. З часом командирами УПА в селах Тростянець і Малий Стидин на Рівненщині були організовані невеликі шпиталі, куди «Поппер» перейшов працювати.
Разом з ним працював лікар – єврей «Гіль» (Лібергаль Самуїл Аронович), санітаркою була його дружина Шарлотта, котра обрала собі псевдо «Ганя», а також лікарі - «Бравий» (Сагайко Никандр) та «Завірюха» (Пантюшенко, військовий лікар РСЧА, що потрапив у полон до німців, утік та приєднався до УПА).
На початку весни 1944, Абрам Штрейкер перейшов працювати лікарем в курінь УПА «Острого» (Ждан Ярослав). З цим підрозділом брав участь у бою з військом НКВС 10 квітня 1944 в лісі між селами Жильжа і Берестовець Костопільського району Рівненської області. У цьому бою загинув курінний «Острий», самому ж «Попперу» вдалось врятуватись.
Він дістався колонії Борівка, де проживав його знайомий з Галичини Тимчук Архип, у котрого «Поппер» залишився та лікувався близько трьох тижнів, імовірно, через поранення, отримане під час бою.
В травні Штрейкеру вдалось влаштуватись на роботу лікарем у Деражнянський райздороввідділ і вже 24 травня він був призначений в село Великий Стидин. Але не судилось. Через день його заарештували співробітники Деражнянського райвідділу НКДБ як учасника УПА.