У 1906 році Гліксберг був обраний рабином Одеси. Крім виконання обов'язків у рабинаті, він енергійно зайнявся питаннями освіти та соціальної роботи. В місті в роки Першої російської революції було введено воєнний стан, і на самому початку своєї кар'єри Гликсберг брав активну участь у порятунку єврейської молоді, за якою полювала царська жандармерія. Одночасно за ініціативи Гліксберга при кількох синагогах були засновані школи для дітей з малозабезпечених сімей. Він також став одним із засновників товариства «Езрат Холім» («Допомога хворим»). Прагнучи популяризувати ідеї милосердя і важливість відвідування хворих, Гліксберг опублікував брошуру «Езрат Холім» на їдиші та російською мовою. Це видання розійшлось тисячними накладами, сприяючи поширенню єврейських цінностей та традицій благодійності.

Однак навіть в Одесі, що вважалась оплотом сіонізму, рабину Гліксбергу доводилось долати значні труднощі, відкрито підтримуючи цей рух. Його позиція викликала напругу в стосунках і з колегами-рабинами, і з впливовими членами громади.

Парадоксально, але багато представників одеської єврейської еліти ставились до сіонізму байдуже або навіть вороже. Їх неприйняття стосувалось не тільки ідеології руху, але і його лідерів та прихильників. У цій непростій ситуації Гліксберг виявляв не лише непохитність переконань, але й майстерність дипломатії, прагнучи зберегти єврейську єдність.

Незважаючи на проблеми, рабин Гліксберг, що очолював в Одесі філію «Мізрахі», твердо відстоював свої переконання. Наприклад, у 1912 році він брав активну участь у зборах товариства «Ховевей Ціон» в Одесі, демонструючи свою прихильність ідеалам сіонізму. Його яскраві проповіді в синагозі «Явне» незмінно приваблювали молодіжну аудиторію. За Гліксбергом в Одесі закріпилось прізвисько «сіоністського рабина». Так його називали і друзі, і опоненти, що лише підкреслювало його значення для руху.

Громадська діяльність Гліксберга не заважала його поглибленому вивченню Тори. За час свого служіння в Одесі він зробив значний внесок у поширення єврейської мудрості у громаді. Його суботні та святкові проповіді, що вирізнялись глибоким змістом та вишуканою формою, незмінно збирали чисельну аудиторію.

Рабин Шимон Яків Гліксберг успішно поєднував духовне та громадське служіння з сімейним життям. Разом з дружиною Ципою Мейтою вони створили велику та люблячу сім'ю. Їх дім наповнювали радість та турботи про сімох дітей: чотирьох доньок – Єнету, Юдиф, Суламіф та Євгенію, та трьох синів – Хаїма, Шмуеля та Веніаміна.

І хоча у Гліксбергів були й гіркі втрати – син Шмуель помер від скарлатини у віці семи років, – сім'я вистояла.

Після Лютневої революції 1917 року авторитет рабина Гліксберга отримав офіційне визнання: його обрали в міську раду Одеси. Крім того, він представляв громаду на Національних зборах євреїв України в Києві у 1918 році, що свідчило про його вплив за межами рідного міста. Однак повною мірою його велич проявилась в епоху кризи, що настала після захоплення влади більшовиками.

В період радянської влади, незважаючи на офіційне скасування рабинату, Гліксберг був визнаний головним рабином Одеси. Він не зрікся своїх сіоністських переконань, навпаки, ще палкіше публічно виступав на захист єврейської Палестини.

Особливо значною та одночасно важкою стала роль рабина Гліксберга в релігійних дебатах, що проводились в Одесі з 1923 по 1928 рік. Ці публічні заходи, організовані владою в найбільших театрах та залах міста, були покликані відвернути громадян країни Рад від їх віри.

Влада залучала до участі в диспутах вчених та «безбожних» полемістів – професорів Тухова, Третьякова, Кардашева, представників Євсекції та інших. Як опоненти були «запрошені» релігійні діячі міста, з рабином Гліксбергом включно. Атеїстично налаштовані організатори були переконані в своїй здатності довести масам шкоду релігії для революції та тверезого розуму людства. За кілька днів до дебатів на вулицях Одеси з'являлись велетенські афіші, що оголошували про новий заклад, покликаний «вигнати невігластво» з міста.

Спочатку рабин Гліксберг відмовився приєднатись до дебатів, мотивуючи двома основними причинами: небажанням слухати богохульство та відсутність у юдаїзму місіонерського характеру, на відміну від інших релігій.

І все ж лідери єврейської громади наполягали на його участі. Навіть місцеві «євсеки», які очолювали колишні учні єшив, прийшли до рабина додому, щоб його переконати. Вони апелювали до релігійних дебатів середньовіччя, говорили про захист честі Ізраїля. Рішучим аргументом стало побоювання росту антисемітизму: «Відсутність рабина може бути сприйнята як доказ того, що юдаїзм підтримує комунізм», – стверджували вони.

В решті решт рабин Гліксберг погодився. Його стан нагадував роль Рамбана у відомому релігійному диспуті в Барселоні чи учасників диспуту в Тортосі. В цих словесних поєдинках Гліксберг постійно балансував між необхідністю відстояти віру та цілком реальною можливістю накликати біду на місцевих релігійних євреїв.

На одному з останніх диспутів Гліксбергу вдалось виголосити промову, у якій він коротко, але вичерпно виклав основи єврейської віри та релігії. Звернувшись до присутніх зі сцени, він сказав: «Людство потребує віри, тому що наука сама по собі неспроможна виправити дух людини та піднести його душу. Давня ідея віри в Бога та нова соціальна ідея мають спільну мету – об'єднати окремі частини людства. Основа вже заложена у вченні Ізраїля: "Возлюби ближнього свого, як самого себе"». Гліксберг не тільки захищав основи віри. Він навмисно підкреслював паралелі між релігійними принципами та сучасними соціальними ідеями, тим самим знезброївши своїх опонентів-комуністів та завоювавши увагу аудиторії.

У відповідь на твердження професора Третьякова про те, що віра перешкоджає революції, ослаблюючи мужність пролетаріату, і що віруючий чоловік по своїй природі не здатен бути революціонером, рабин Гліксберг спростовував цю думку: «Очевидно, це лише приватна думка професора. Я можу привести вам [думку] кількох вчених, які довели б протилежне. Вони б продемонстрували вам, опираючись на вагомі докази, що віра є найвищим ступенем в розвитку людини. Що вона займає важливе місце в прогресі світу. Що віра завжди йшла поруч із мудрістю, людською культурою та мистецтвом покращувати стосунки між людьми та підіймати дух людини».

Коли численна та різнорідна публіка була повністю захоплена його словами, Гліксберг промовив: «Мудрець Ренан стверджував, що людська культура була створена двома народами: євреями та греками. Греки, на його думку, дали людству поезію та філософію, а євреї — духовне єднання та любов до ближнього. Однак мудрець Дармштетер не згоден з ним. Він каже: євреї дали світові і поезію і філософію – поезію в Псалмах і філософію в словах пророків».

Про сьомий одеський диспут нам багато розповів Барух Каценеленбойген, одесит, В'язень Сіону, що особисто знав рабина Гліксберга. Цей сьомий диспут мав особливий характер і був присвячений обрізанню. Перед дебатами єврейську громаду Одеси охопило сильне хвилювання: хоча формально ініціатором виступило товариство «Друзі дітей», всім було зрозуміло, що реальним організатором був «Союз безбожників».

Тривога посилилась, коли стало відомо, що з боку антирелігійних сил виступлять знайомі публіці досвідчені полемісти: професор Сухов, академік Третьяков та інші. Як представника юдаїзму цього разу був «призначений» моель Ісраель Бібергаль. Рабину Гліксбергу, «небезпечному опоненту», у виступі відмовили. Бібергаль не мав ораторських здібностей і до того ж погано володів російською мовою. Єврейські громадські діячі Одеси були вкрай занепокоєні, адже від результатів диспуту багато в чому залежала доля їх громади.

Тим часом по Одесі поширились чутки, що як представники медичної спільноти на диспуті виступлять професори Зільберберг та Гімельфарб. Ці імена вселили трохи спокою в єврейську громаду: доктор Цві Гімельфарб був добре відомий в сіоністських колах – в минулому він обіймав посаду секретаря одеського сіоністського комітету під головуванням самого Менахема Усишкіна. Професора Якова Зільберберга в Одесі шанобливо називали «професором з гарячим єврейським серцем», що свідчило про його відданість єврейським традиціям.

Зранку в день диспуту рабин Гліксберг та Авраам Каценеленбойген (відомий як Адмор з Луцька), що жив тоді в місті, відправились до професора Зільберберга. В приватній лікарні на вулиці Преображенській відвідувачі застали професора в білому халаті, він йшов у операційну. Побачивши їх, Зільберберг затримався на порозі і шанобливо привітався з відвідувачами. Шимон Яків Гліксберг зразу перейшов до головного: «Шановні єврейські професори, від вас зараз залежить майбутнє нашого народу, і ми з хвилюванням чекаємо результату дебатів». Професор коротко відповів: «Не хвилюйтесь! Ми не осоромимо наше коріння!» Вийшовши від Зільберберга, бородаті мудреці відчули невелике полегшення.