Однак не лише наукова і педагогічна діяльність цікавила Глаголєва. Людина, що глибоко вірує, Олександр Олександрович вирішив продовжити свою священницьку династію. В травні 1903 року він був висвячений в ієрея церкви Всіх Святих, котра знаходилась на Щекавиці. Незабаром, 15 червня, його перевели настоятелем церкви Миколи Доброго в Києві на Подолі, де йому довелось служити понад 30 років.

Продовживши викладати в духовній академії, гебраїст Глаголєв був відданий своєму основному предмету і обурювався новим академічним уставом, що вступив у дію восени 1910 року і скасовував обов'язкове вивчення у академії давньоєврейської мови. Боротьба за повернення івриту на першому курсі академії була довгою, але, у підсумку, мала успіх. Влітку 1911 року Олександр Олександрович керував першою паломницькою екскурсією студентів Київської духовної академії на Святу землю.

Однак головною подією життя ієрея Глаголєва в ці роки була його участь всесвітньо відомому процесі Бейліса. Але якщо раніше у порятунку київських євреїв йому допомагала здатність переконувати натовп, то тепер отцю Олександру довелось мати справу з судом присяжних і оскаженілою правою пресою. Справа Бейліса почалась так. У 1911 році в Києві поширилась чутка про те, що вбитий у глиняних кар'єрах, на Татарці, підліток Андрій Ющинський став жертвою таємного єврейського ритуалу. Через кілька місяців за звинуваченням у вбивстві хлопчика був заарештований працівник цегельного заводу, що містився поруч – Мендель Бейліс. В умовах політичної кризи 1911 року російським правим потрібна була гучна подія для підкріплення їх позицій і тому звичайне кримінальне вбивство почало перетворюватись у «кривавий наклеп».

При першій передачі справи до суду, в травні 1913 року, Олександр Глаголєв надав свою експертизу, котра повинна була з'ясувати, чи було вбивство Андрія Ющинського ритуальним. Він був запрошений до участі в суді, як фахівець по Старому Заповіту, культурі та звичаям єврейського народу. Глаголєв стверджував, що закон Мойсея забороняю пролиття людської крові і вживання її у їжу. Талмуд й інші тексти рабинів цей закон не скасовували і не пом'якшували, тому, на думку Глаголєва, звинувачення євреїв у використанні крові з ритуальною метою мало абсолютно абсурдний характер. Його висновки пізніше підтвердили інші експерти з боку захисту: академік Павло Коковцов, один зі значних гебраїстів і семітологів країни, професор Петербурзької духовної академії Іван Троїцький, московський казенний рабин Яків Мазе, а також філософ та гебраїст Павло Тихомиров.

Попри цькування з боку «споконвічно російських» кіл, отець Олександр зайняв під час процесу принципову позицію. І в результаті звинувачення цілком програло богословський диспут. Незабаром нещасний Бейліс був виправданий і назавжди зі своєю сім'єю покинув Росію.

У 1914 році отець Олександр був висвячений у протоієрея. Під час Громадянської війни і після приходу до влади більшовиків він продовжував служити в храмі Миколи Доброго. В 1923 році, після арешту єпископа Василія Богдашевського, він почав виконувати обов'язки ректора Київської духовної академії. Після офіційного закриття академії в травні 1924 року Глаголєв ще три роки проводив заняття у формі богословсько-пастирських курсів.

На початку 1930-х років Глаголєва органи НКВС УССР вигнали з його дому. Він з дружиною знайшов притулок на майданчику сходів, що вели на дзвіницю. Там стояла скриня, на якій отець Олександр спав. На другому майданчику цих сходів матушка Зинаїда готувала.

Тоді ж він був заарештований за звинуваченням у належності до «Істинно-православної церкви» і протягом пів року перебував в ув'язненні у Лук'янівській тюрмі. Його старший син, Олексій, у травні 1932 року також був заарештований, але незабаром звільнений через відсутність доказів.

Через кілька років храм Миколи Доброго був закритий і розібраний і протоієрей Глаголєв почав служити в храмі Миколая Набережного. Туди ж перейшов його старий товари, Михайло Єдлінський, з котрим вони під час Першої російської революції втихомирювали погромників.

Після розгрому храму отця Олександра чекала ще одна втрата – у 1936 році померла його дружина, матушка Зінаїда. Хвилювала Олександра Олександровича і доля його старшого сина, студента фізико-математичного факультету Київського педагогічного інституту. Тендітний інтелігент, Олексій демонстративно сповідував православ'я: у 1936 році, на очах у всіх, він ніс на собі вулицями Подолу хрест, що був скинутий з купола церкви Миколи Доброго. Всупереч погрозам, Олексій беріг скинутий хрест, як і інші предмети культу, у себе в квартирі.

Вдруге і в останнє за протоієреєм Олександром Глаголєвим прийшли 20 жовтня 1937 року. У одній справі з ним проходив митрополит Київський Костянтин (Дьяков), заарештований органами прямо під час служби у Покровському храмі. Дьякову і Глаголєву в жовтні 1937 року було висунуто звинувачення в тому, що вони були активними учасниками «антирадянської фашистської організації церковників». Під цим казенним штампом чекістів було приховано керівництво Дьяковим і Глаголєвим в Україні підпільною «тихонівською церквою», що відмовилась від співробітництва із більшовицьким режимом. Насправді до «тихонівської» чи підпільної «Істинно-Православної Церкви», опозиційно настроєної відносно прорадянського «новітнього» руху в Російській православній церкві, отець Олександр, швидше за все, стосунку не мав. У 1934 році, коли один із лідерів «Істинно-Православної Церкви», єпископ Дамаскін (Цедрік), відвідав протоієрея Глаголєва і запропонував тому приєднатись до «Істинно-Православної Церкви», отець Олександр відповів відмовою. Він вважав, що краще мати чинну офіційно парафію і триматись під тиском до кінця, ніж іти у підпілля.

Розслідування у справі київських священників проводив оперуповноважений 4 відділу УДБ НКВС УРСР Зуся Гольдфарб. Ні одного протоколу допиту протоієрея Глаголєва у справі немає. Залишилось тільки кілька «власноручних» заяв. У першій з них сказано, що Олександр Глаголєв приблизно на початку 1936 року «увійшов до кола контрреволюційних настроїв і прагнень», що застосовується у об'єднаній церковній практиці. Ця заява переривається на середині речення.

У другій заяві, датованій 23 жовтня 1937 року, Олександр Олександрович докладно розписує свій розпорядок дня, повідомляючи, що з таким щільним графіком він мав вкрай обмежені можливості відвідувати своїх знайомих. Зокрема, це стосувалось архієпископа Волинського і Житомирського Філарета, арештованого 16 червня 1937 року співробітниками НКВС. Через крихітний розмір квартири, розміщеної у дзвіниці, вказував у своїй заяві Глаголєв, до нього дуже рідко приходили і його духовні діти. Навіть у найстрашніших умовах отець Олександр боявся нашкодити невинним людям.

Через чотири дні протоієрей Глаголєв написав, що повідомить слідчому НКВС про свою антирадянську діяльність, котра, однак, не виглядала йому такою, що порушує його «громадянську лояльність до влади». Серед довгого переліку «провин» Глаголєва зазначались поїздки до Москви до патріаршого місцеблюстителя Сергія без узгодження з органами ДПУ, рецензування наукових робіт та проведення лекцій для охочих продовжити свою богословську освіту, навіть отримання грошового переказу від професора Белградського університету Федора Тітова, що надіслав 10 доларів дітям священномученика або т.з. Київського новомученика. Слід відзначити, протоієрей Глаголєв своїх заяв не підписав.