היה מספיק חומר מפליל על החברים והמכירים של לבשיץ. כך, על פי הנתונים של סוכן מנהל המשרד לבטחון במחוז ולדימיד בשם סטָאקָן, אחרי המלחמה מרדכי חנזין, הציוני הדתי הבולט, הגיע אל מזכיר הקהילה היהודית בז'מרינקה, קרקופולסקי, איתו הוא דן ברוח האנטיסובייטית הבוטה את השאלה היהודית בברית המועצות.

במרץ 1950 אוחוטניה הסוכנת גם הודיעה למשרד לביטחון כי לבשיץ התיידד עם תושב ז'מרינקה סוּכֶר. בנו, אלכסנדר סוכר, הסטודט בקייב, נעצר בגין התיק "אדוגת הנוער היהודי". "הקנאי גינה את רדיפת סוכר וחבריו בצורה המלשינה והאנטיסובייטית, גם כן הוא הביע חשש שהוא עצמו יכול להיעצר בגין הבעת הדעות הפוליטיות שלו" – דיווחו צ'קיסיטים מוויניצה אל מנהל המשרד לביטחון המדינה בהרפובליקה הסובייטית הסוציאליסטית האוקראינית.

אחרי עצירת בנו של סוכר, אל לבשיץ הגביל את המעגל החברתי שלו. למרות זאת הוא לא הפסיק להביע את דעותיו האנטיסובייטיות במכתבים שלו. הוא הגיע למסקנה כי אחרי השואה השפלת העם היהודי בברית המועצות נמשכה: עברית הייתה אסורה, בכל המדינה לא קיימו רדיו או עיתונים יהודיים, לא פעלו בתי כנסת או ישיבות. "... מווֹלוֹצִ'יסק עד קייב יש לנו בסך הכול... 5 בתי כנסת: בפרוסקורוב, ז'מרינקה, סלבוטה, ברדיצ'ב ואודסה, - התלונן לבשיץ, - לכן אוצר העם היהודי, נוערנו היקר לנו יותר מכל דבר, מתבולל... בלי לדעת שאבותינו הורישו לנו לא לשכוח את שפתנו". אחרי שלקראת ראש השנה אל קיבל את גלויה מאחותו עם תמונת חיילי ישראל וחברי הממשלה הישראלית, לבשיץ הביא אותה לבית הכנסת.

בדצמבר שנת 1950 אל המחלקה האזורית של המשרד לביטחון המדינה בז'מקינקה אף הגיע העובד המבצע מיחידה ה-4 של מחלקת מנהל המשרד לביטחון במחוז ויניצה. סיבת הביקור כזה הייתה פשוטה - לבצע אירועים להפעלת חקירת לבשיץ. למרות זאת צ'קיסטים לא הצליחו לגייס עוד סוכן אחד שהיה יכול להלשין על לבשיץ.

בשנת 1951 אל הפסיק להתכתב עם האחות והאח שלו מכיוון שהוא הבחין בעיכוב לא רגיל של התכתובת ושם לב למה שרוב המכתבים שלו לא מגיעים לנמעניהם.

למרות זאת, ב-12 לפברואר 1953 במשפחת לבשיץ ביקרו סגן ראשון זָדוֹרוֹז'ניוּק, העובד המבצע הבכור במנהל המשרד לביטחון בוויניצה, וסמל המשטרה פָּבְלֶנְקוֹ. הם מייד התחילו לבצע חיפוש. אחרי שהם הפכו את כל הבית, צ'קיסטים הסיעו את לבשיץ לבית הכלא הפנימי של משרד לביטחון המדינה בוויניצה.

הוא הואשם בכך שלאחר הצטרפותו לקבוצה לאומנית, הוא ביצע עבודה האנטיסובייטית בהרכבה, לשמור על הקשר בכתב עם החו''ל, הלשין על ברית המועצות ומשטרהּ. גם כן בכתב האישום ציינו בנפרד את האזנתו של לבשיץ לתחנת הרדיו "קול ישראל" על בסיס קבוע, קריאת גלויות ומכתבים מהחו''ל בבית הכנסת והבעת רצונו לעלות ארצה לא חד פעמית.

בחקירות הוא שלל לחלוטין את נוכחות אצלו קשרים איזשהם בז'מרינקה, ויניצה וערים אחרות במשך זמן רב. אך רשימת חברי קהילה יהודית שנמצאה במהלך החיפוש, תכתובת של לבשיץ על מכירו בֶּרְכָּה בּרוֹדְסְקִי, ושאר מסמכים אחרים העידו נגדו.

חוץ מזה החרימו ממנו 164 ספרים בעברית ויידיש. לחלק גדול מהם היה התוכן הדתי וקודם שייכו לרבי אלטער פיינגולד שנפטר בגטו ז'מרינקה. את הספרים האחרים הוא קיבל מיהודי הדתי פלימן אשר גם היה בשליטה של המשרד לביטחון.

למרות לשפע הראיות, אל מרדכוביץ' שתק בגבורה ובכל מיני דרכים שלל את ההאשמות בתעמולה האנטיסובייטית ולסרב להעיד נגד מכיריו. לכן החוקרים החלו להשתמש בעינויים והתעללויות.

הסוכנים לא הגבילו את עצמם בלעג לתורה ויהדות המתואר ממש בתחילת הסיפור. בדרך כלל, הביאו את לבשיץ לחקירה אחרי השעה תשע בערב בלי לתת לו לנוח ביום. בחקירה הוא נאלץ לעמוד על רגליו ללא ההזדמנות אף להישען על הקיר.

הסגן הראשון זדורוז'ניוק וסגן ראש המחלקה השנייה של מנהל המשרד לביטחון בוויניצה,טְקָצֶ'נְקו,ֹ איבדו את הסבלנות, הפילו את אל מורדכוביץ' על הרצפה והחלו להכות אותו ברגליים.

החוקר הבכור של מנהל המשרד לביטחון, הסרן פוּצְ'קִין, שעבד על התיק אחר כך, גם לא נצטיין בנימוס. פעם, אחרי שהוא הלך לקולנוע בשעות עבודה, הוא נעל את לבשיץ במרתף קר. את האסיר שחררה עובדת המשרד כעבור כמה שעות מתוך רחמיה. פוצ'קין כל הזמן פגע באל מורדכוביץ' על בסיס זהות לאומי ואהב לחזור על מה שכל היהודים התחבאו בעורף בזמן המלחמה. "הנשים שלכם, יהודיות שמנות, לא נותנות לאנשים לקנות מזון בשוק, - כך החוקר הסביר לאסיר את מטבו על השאלה הלאומית. – ויהודים גבנוני אף, אם לחשוב, שודדים את הממשלה והמדינה שלנו".

כאשר פוצ'קין הוציא מידע מן האסיר, הוא איים לו כל הזמן: "אתה לא תצא מכאן"; "אני יכול פשוט לירות בך בחדר שלי ולא יקרה לי כלום".

למרות הכול היהודי הקשיש לא הלשין על חברי קהילת ז'מרינקה והמכירים האחרים שלו אותם צ'קיסטים רצו לכלול לתיק על הארגון הציוני במחתרת. בקביעה מיום 9 לאפריל 1953 פוצ'קין השאיר את ההאשמה בגין הסעיף 54-10 של פרק השני בחוק העונשין של הרפובליקה הסובייטית הסוציאליסטית האוקראינית ("תעמולה והסתה באמצעות הדעות הקדומות הדתיות או הלאומיות של המונים"), אבל הוא הוכרח לוותר על פסקת השתתפות בקבוצה האנטיסובייטית.

לקראת המשפט החקירה הכינה למשפט את הארימה השלמה של העובדות המוכיחות את הדעות ה-"לא סובייטיות" של הנאשם בעזרת שימוש הנתונים הנלקחים מהסוכנת אוחוטניה וצירוף אל התיק 17 מכתבים של לבשיץ וקרוביו.

"תפרו" אל התיק של לבשיץ גם מסירת נתונים סודיים. הקורא העכשווי יופתע, אך בתיק ציינו כראיות שורות ממכתב של אל מורדכוביץ' על מספר האוכלוסיה היהודית בערים ועיירות של אוקראינה: "השארים הניצולים של עמנו מרוכזים ברוב המקרים בערים גדולות, כגון: בקייב -125 אלף, באודסה – 70 אלף...".

במכתב הנשלח לברוניה נוטקין באמצע פברואר 1950, אל מורדכוביץ' ניסה בזהירות רבה לספר על גורלו של האח שלו, שמול: "... את תמיד שואלת על שמיליק, כבר כתבתי לך, קשה מאוד לדעת עליו משהו, אסור לכתוב לו. אותו המצב עם כל הידידים שלי. אני לא יכול לעשות כלום, צריך לחכות".

אל לבשיץ התעניין ממש בכל הקשור לישראל. הוא ביקש מן האח והאחות לכתוב אליו על פיתוח נגב, בניית מקומות מגורין וקיבוצים במדינה הצעירה, קבלת עולים חדשים מארצות שונות.

המשפט של אל מרדכוביץ' לבשיץ התקיים ב-20 לאפריל 1953. ארבע שעות לפני המשפט עצמו, הנאשם הודה באשמתו כאשר הוא השיב אל השאלות של התובע פּוֹזָ'רוּק ועורך דין קֶנִיג. הוא הודה ברצונו לעלות לישראל פומבית והסביר את זה בחסרונו של "ניצוץ עממי" יהודי איזשהו בברית במועצות. אולם לבשיץ "הודה את טעותו" בעצת העורך דין וביקש מן המשפט להתייחס אליו בסלחנות ולהפתיח את העונש.

כמובן, לא הייתה שום סלחנות לגביו. הרשיעו אותו בגין הסעיף 54-10, החלק 2 של חוק העונשין של הרפובליקה הסובייטית הסוציאליסטית האוקראינית ל-25 שנים של מחנות עבודה בכפייה עם החרמת כל רכושו ושלילת זכות הצבעבה. השופטים היו יכולים להרשיע אותו לעונש מוות. על זה רמזו באיזכורה של התקנה מן נשיאות העליון הסובייטית בברית המועצות מיום 26 למאי 1947 "על ביטול עונש מוות" בפסק הדין.

אפילו לפי החקיקה הסובייטית פסק הדין זה היה נורא. בתלונה שלו אל בית המשפט העליון ברפובליקה הסובייטית הסוציאליסטית האוקראינית המוגשת באותו יום, לבשיץ המורשע ביקש לשקול את התיק מחדש. הוא שלל את האישומים בלאומניות ושוב טען כי הוא רק שמר על מסורת דתית. גם כן הוא ציין את השימוש של שיטות לא חוקיות במהלך החקירה. אך הערעור שלו לא השפיע על בית המשפט העליון של הרפובליקה הסובייטית הסוציאליסטית האוקראינית, פסק הדין עמד בעינו.

העבירו את לבשיץ לעמדת המשלוח בעיירה קָרָבָּס בהרכב מחנה העבודה בכפייה במחוז קרגנדה. בן אדם זקן, לקוי ראיה והסובל מנפחת ויתר לחץ דם, שוחרר מעבודת פרך במחנה.

אבל גם בקרל''ג (מחנה העבודה בכפייה במחוז קרגנדה) אל מורדכוביץ' לא נכנע. בסופו של דבר וועדת המשפט לתיקים פלילים בחסות בית המשפט העליון בברית המועצות שקלה את התיק שלו מחדש. זמן המאסר הופחת עד 10 שנות כליאה במחנות עם החרמת רכוש ושלילת זכות הבחירה. תלונת לבשיץ לגבי שימוש שיטות לו חוקיות בחקירה הופנתה אל המפקחה המיוחדת של מנהל המשרד לביטחון המדינה בחסות מועצת השרים של הרפובליקה הסובייטית הסוציאליסטית האוקראינית במחוז ויניצה.

משרד התובע בקרגנדה שחרר אותו ב-4 לאוקטובר 1954. אמנם טיהורו השם של לבשיץ התעכב. רק בסוף מרץ שנת 1950 יו''ר של בית משפט העליון, גורקין, בחן את התיק שלו. אחרי ניתוח חומרי החקירה ותוכן המכתבים של אל לבשיץ, מוסד בית המשפט העליון הגיע למסקנה שתוכניהם לא היו האנטי מהפכניים. התיק הפלילי נסגר על סמך חוסר גורם לפשע, פסק הדין בוטל.

באחד המכתבים המופקע בשנות ה-1950, אל לבשיץ כתב: "הלוואי לשרוד עד החיים טובים, אף שאני כבר לא צעיר, אך בכל זאת אני מקווה ורוצה לחיות חיים חופשיים". כאשר זה שוב היה אפשרי, אל מורדכוביץ' הגיש בקשה ליציאה מהמדינה, אבל הוא קיבל סירוב בשנת 1978. ביורוקרטים סובייטיים שידעו על התיק הפלילי מזמני סטלין, סירבו לתת לו את הוויזה.

אל לבשיץ בהיותו לא מסוגל לעלות לארץ ישראל עצמו, תמיד עזר ליהודים אחרים לחזור לארץ אבותיהם פעילית. הוא ייעץ לאנשים על עליה לישראל דרך המדינות הבלטיות הסובייטיות. הוא קיבל רק אנשים "שלו" משום שהוא זכר מצוין את עיני ואוזני ה-ק.ג.ב. אבל הוא לא היה יכול לא לעזור להם.

אל לבשיץ נפטר ב-1 לספטמבר 1981. הבת שלו, טובה, הצליחה לסיים את עבודתו של אביה – היא עלתה לישראל בשנת 1996.